「付费」【代码分享-12】高分文章必备分析内容-免疫细胞与风险评分相关性网络热图绘制
今天小果为小伙伴带来的分享内容为利用ggcor包来绘制高颜值的相关性网络热图,该分析属于高分文章通常必备的分析内容,非常值得小伙伴学习,小果将通过实例绘制风险评分与免疫细胞相关性网络热图,感兴趣的小伙伴可以跟着小果开始今天的学习。
1.如何绘制风险评分与免疫细胞相关性网络热图?
如何绘制风险评分与免疫细胞相关性网络热图?首先最重要的是需要安装ggcor包,小果为小伙伴们附上网址:https://github.com/Github-Yilei/ggcor,直接安装就可以;然后需要准备计算好的风险评分文件和免疫细胞文件,最后就可以利用ggcor进行两者相关性分析并进行相关性网络热图绘制,这就是大概的分析步骤。小伙伴们只要准备好相关文件,就可以很顺利的完成该分析,其实很简单的奥,接下来跟着小果开始今天的实操吧!
2.准备需要的R包
#安装需要的R包
install.packages("devtools")
devtools::install_github("Github-Yilei/ggcor")
install.packages("ggplot2")
install.packages("dplyr")
install.packages("vegan")
#加载需要的R包
library(vegan)
library(dplyr)
library(ggcor)
library(ggplot2)
5.结果文件
1.immunecor.pdf
该结果图片为免疫细胞和风险评分的相关性网络热图,通过线的粗细来表示相关系数,线的颜色来表示pvalue值。
2.immcor.txt
该结果文件为计算的免疫细胞和风险评分的相关性文件,包括相关系数r,pvalue值以及相关系数和pvalue值的范围。
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