超快超好用的生信数据库国内镜像站，下载数据超快！






超快超好用的生信数据库国内镜像站，下载数据超快！

师妹  生信果  2024-02-14 19:00:23

转自公众号：R语言学徒
http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5MDk3Mzg4OA==&mid=2247490866&idx=1&sn=98442ef94ba6b9809ba52866dbf16988

小果今天给大家分享一个国内的生信数据库镜像站——国家微生物科学中心。          

简介  

您是否为速度超慢的下载而感到崩溃？有的数据库在国内还访问不了而感到恼火？那小果今天分享的这个镜像站绝对能帮到你。
          
它就是国家微生物科学中心。
国家微生物科学数据中心nmdc          
我们可以在首页的搜索栏，搜索想要的内容。也可以点击菜单栏的数据下载，进入数据库和数据集的目录。搜索生信数据时，看到熟悉的中文是不是感到非常亲切?    
                   
在上方有搜索栏，可以提供想要内容的关键字进行检索。
按照数据库工具资源的类型进行了分类。有序列数据库，基因组数据库，蛋白质数据库，物种，宏基因组，blast数据库，扩增子，软件包等几大类。
          
中间是具体数据库的信息。包括数据库的标题，描述，中英文关键字，文件大小，更新日期，以及国内镜像的下载的链接。
          

数据库下载
 

我们一宏基因组的MetaPhIAn3数据库下载为例，因为其数据库，无法在国内访问。从其官网下会非常慢。    
         

方法一         

鼠标悬浮在下载链接旁的问好，可以看到提示我们用FTP工具下载，比如xftp或者filezilla。          
打开FTP工具。    
将下载链接复制到链接框，按下回车。
          
会弹出一个用户验证框。我们无需输入用户名和密码，直接勾选左下角的匿名登录。
              
之后就可以远程访问镜像站的数据文件夹了，我们可以直接拖动想要的文件到本地。在下方，可以看到其惊人的下载速度，达到了26.76 MB/s.

方法二  

使用lftp命令，直接下载到服务器中。
#访问数据库。lftpftp://download.nmdc.cn
              
使用ls命令能够查看到当前的数据。
我们使用cd命令,进入到blast目录当中，注意这里不像是shell中不能使用ll命令。我们可以使用ls命令查看文件。  
进入到db/目录下，    
以下有blast的常用数据库包括nt, nr, 16s等。
可以通过mirror命令进行文件夹的下载。
          

Screen命令避免下载中断
 

我们可以使用Screen命令来避免下载大文件的中断。
Screen -S a1
创建一个名为a1的窗口。        
lftp download.nmdc.cn:/blast/db> mirror coronavirus/
在新的窗口下运行   
Ctrl + A 再按d 就可以退出当前的会话，但是不会中断下载，会在后台进行下载。
会提示从会话a1断开。  
通过screen -ls 可以查看当前的会话。    
          
利用top命令能够看到它当前仍在运行。          
你是否学会了呢，欢迎和小果讨论~
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