科研福音Chiplot零代码实现nature级聚类热图绘制






科研福音Chiplot零代码实现nature级聚类热图绘制

大海哥  生信果  2023-08-26 19:01:00

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大海哥今天隆重向大家介绍一个非常好用的绘图网站——Chiplot,并且带大家绘制nature metabolism的一个聚类热图,步骤非常详细。

这张图来自nature metabolism的篇文章,Fig2o。

Single-cell profiling of vascular endothelial cells reveals progressive organ-specific vulnerabilities during obesity | Nature Metabolism



大海哥贴上了文章的网址,小伙伴们可以去下载文章的原始数据,跟着大海哥一起来画。

选择下载第二幅图的数据。

这是fig2o的数据,我们将其保存为单独的一个excel文件,方便我们后续导入。

Chiplot简介

今天大海哥使用的绘图工具是Chiplot,这是一个科研绘图网站。输入我们的数据,不用代码就能完成科研图片的绘制。

ChiPlot

它支持非常多的类型的科研数据图片绘制,并且能画很多生物信息分析图片。例如

其功能也非常强大不逊色于众多知名的R语言包。今天我们就使用它来绘制nature级的热图。

点击Heatmap,选择第一个热图绘制。

在右上角选择我们的数据文件。

论文的热图是长方形的每个格子是正方形的,我们将其形状调整和论文的图片一致。双击画布就可以拖动调整热图的形状。

点击cell,选择color,设置与参考图一样的从蓝到红的颜色。

将colorbar设置在图片下方,并设置为水平。设置为-0.5-0.5。调整高度。更改Colorbar名称为log (FC).

为cell添加上边框,并去掉下面的刻度线

接下来添加参考图的分类色块。
将原始数据的分类信息复制并且转置。

提取出用于分类的两列

接着我们点击坐下角输入分类数据,添加图层。

输入两列分类数据,建立两个图层

通过拾色器改变分类色块颜色,设置分类色块框线。

给分类色块添加文字

为图片增加聚类

调整Y轴文本字体

最后添加上标题

最后导出就可以了

这是原图片,你能找到和他的不同吗?

欢迎来和大海哥讨论,大海哥今天的绘图课就到这了,我们下期见!




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