听说你还在困惑SCI配色问题？小图一文让你学会SCI顶刊的配色方案！！！
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小伙伴在绘图的时候，经常会困惑，自己文章中的图片配色如何绘制才能显的高级。为什么顶级期刊配色都那么好看，小伙伴不要疑惑。这里小图给大家介绍一种SCI配色的R包ggsci，这个包很强大，提供了一系列的高质量的调色板，这个包的主要来源有SCI论文的期刊配色，还以一些可视化的数据库配色，还以我们经常看到的科幻电影中使用的配色，可谓是相当的多，跟着小图去学习吧！
我们先安装一下
library(ggsci)
ggsci中函数有很多，但是主要还是两种类型的函数：
一种是直接在绘图中使用既有期刊风格的颜色方案。比如：
scale_color_palname()和scale_fill_palname()。而函数里的palnames指的是对应颜色风格的名字，例如：scale_color_npg()和scale_fill_npg()是nature风格的配色方案。
另一种是函数是展示对应颜色风格的颜色的代码，例如pal_npg(“nrc”, alpha = 0.7)(9)，表示获取名为 “nrc” 的颜色调色板的第9个颜色值，并且这个颜色的透明度设置为 0.7。
上面是这个包主要的函数对应的风格颜色，我们就按照上述大致给小伙伴展示一下：
下面介绍这两类函数的使用并且绘制配色方案的颜色可视化
首先就是我们顶刊Nature配色风格
library(scales) #我们这里使用scales用来展示颜色## 自然出版集团 (Nature Publishing Group) 风格的颜色方案mypal <- pal_npg("nrc", alpha = 0.7)(10)mypalshow_col(mypal,ncol = 5)
小伙伴注意，这里alpha参数是调整颜色的透明度，上面展示的alpha = 0.7的配色风格，这个值可以根据需要自己调整。
下面展示一下alpha = 1的NPG风格的颜色：
## 自然出版集团 (Nature Publishing Group) 风格的颜色方案mypal <- pal_npg("nrc", alpha = 1)(10)mypalshow_col(mypal,ncol = 5)
再来看一下
## 美国科学促进会 (American Association for the Advancement of Science) 风格的颜色方案。mypal <- pal_aaas(palette = c("default"), alpha = 0.7)(10)mypalshow_col(mypal,ncol = 5)
后面看一下
## 《新英格兰医学杂志》(The New England Journal of Medicine)风格的颜色方案。mypal <- pal_nejm(palette = c("default"), alpha = 0.8)(8)mypalshow_col(mypal,ncol = 4)
下面是我们熟悉的期刊
## 《柳叶刀》(The Lancet)杂志风格的颜色方案。mypal <- pal_lancet(palette = c("lanonc"), alpha = 0.8)(9)mypalshow_col(mypal,ncol = 3)
下面
## 《美国医学会杂志》(Journal of the American Medical Association)风格的颜色方案。mypal <- pal_jama(palette = c("default"), alpha = 0.7)(7)mypalshow_col(mypal,ncol = 4)
## 临床肿瘤学杂志》(Journal of Clinical Oncology)风格的颜色方案。mypal <- pal_jco(palette = c("default"), alpha = 0.7)(10)mypalshow_col(mypal,ncol = 5)
## 加利福尼亚大学圣克鲁兹分校基因组浏览器风格的颜色方案。mypal <- pal_ucscgb(palette = c("default"), alpha = 0.7)(26)mypalshow_col(mypal,ncol = 7)
来看一下
## 星际迷航电影风格的颜色方案。mypal <- pal_startrek(palette = c("uniform"), alpha = 0.7)(7)mypalshow_col(mypal,ncol = 4)
## Futurama电视剧风格的颜色方案。mypal <- pal_futurama(palette = c("planetexpress"), alpha = 0.7)(12)mypalshow_col(mypal,ncol = 4)
我们这里就不全部展示了，这么多的配色方案，一定有小伙伴喜欢的一种。
如果有的小伙伴感觉调颜色很麻烦，ggsci这个包还提供了一种配色方案，就是自动配色，ggsci包也给出了绘图时自动配色的方式，就是scale_color_palname()和scale_fill_palname()函数。
下面我们通过实例去演示一下吧
这里数据我们使用ggplot内置数据集diamonds
library(ggsci)library(ggplot2)library(gridExtra)data(diamonds) #ggplot2内置数据集，砖石相关信息head(diamonds)
我们先看一下ggplot默认的配色
p1 <- ggplot(subset(diamonds, carat >= 2.2), aes(x = table, y = price, colour = cut)) +geom_point(alpha = 0.7) +geom_smooth(method = "loess", alpha = 0.05, linewidth = 1, span = 1) +theme_bw()p1
p2 <- ggplot(subset(diamonds, carat > 2.2 & depth > 55 & depth < 70), aes(x = depth, fill = cut)) +geom_histogram(colour = "black", binwidth = 1, position = "dodge") +theme_bw()p2
小图觉得还是很好看的
我们试着将Nature风格配色方案放进去试试
直接在原图后面添加scale_color_npg()和scale_fill_npg()函数就可以。
p1_npg <- p1 + scale_color_npg()p2_npg <- p2 + scale_fill_npg()p1_npgp2_npg
其它的方案小图就不一一展示了，原理和上述一样，小伙伴自行去学习一下，非常的简单，有没有心动呢，快去动手试试吧，要记住多多理解代码的意义这样才能绘制漂亮的图片！
欢迎使用：云生信平台 ( http://www.biocloudservice.com/home.html)
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