结果总是报错!每次安装新软件都觉得自己是呆瓜的小果研究了半天,认为应该是环境依赖出了问题,但不会解决,搜寻网络各种教程后果断删掉了刚刚创建的环境,使用了另一种安装方式((11条消息) EDTA 最简易安装方法_tesorter_Plaichat-123的博客-CSDN博客),很快成功了,感谢来自CSDN的馈赠~
conda remove –name bioinfo –all#删除名为bioinfo的环境
git clone https://github.com/oushujun/EDTA#在github上克隆(下载)EDTA项目
git clone https://github.com/oushujun/EDTA
装好了!使用EDTA.yml继续创建命名为EDTA的conda环境。
conda env create -f EDTA.yml
conda info –envs#查看已安装的环境
conda activate EDTA#激活EDTA
conda create –name repeatmasker repeatmasker
conda install -c bioconda samtools#通过bioconda安装samtools
然后我们就可以注释基因组中的重复序列了,大概流程如下所示:
下载小鼠的CDS序列文件(可以在gencode下载)
对小鼠全基因组序列进行重复序列注释(用到了RepeatMasker)
统计注释结果
欢迎使用:云生信 – 学生物信息学 (biocloudservice.com)-文末点击阅读原文可以跳转
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