小果手把手教你用miniconda安装EDTA(下)






小果手把手教你用miniconda安装EDTA(下)

小果  生信果  2023-05-11 19:02:10

生信人R语言学习必备

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  • 书接上回,我们已经安装好miniconda,现在该安装EDTA了。 小果安装的时候一开始走了不少弯路,比如说试图通过以下代码来安装EDTA

结果总是报错!每次安装新软件都觉得自己是呆瓜的小果研究了半天,认为应该是环境依赖出了问题,但不会解决,搜寻网络各种教程后果断删掉了刚刚创建的环境,使用了另一种安装方式((11条消息) EDTA 最简易安装方法_tesorter_Plaichat-123的博客-CSDN博客),很快成功了,感谢来自CSDN的馈赠~
conda remove –name bioinfo –all#删除名为bioinfo的环境
 
git clone https://github.com/oushujun/EDTA#github上克隆(下载)EDTA项目
 
没有git?装!
sudo apt install git
装完git以后再次执行
git clone https://github.com/oushujun/EDTA
装好了!使用EDTA.yml继续创建命名为EDTAconda环境。
conda env create -f EDTA.yml
conda info –envs#查看已安装的环境
conda activate EDTA#激活EDTA
conda create –name repeatmasker repeatmasker
#创建新的环境并安装RepeatMasker
conda install -c bioconda samtools#通过bioconda安装samtools
然后我们就可以注释基因组中的重复序列了,大概流程如下所示:
下载了小鼠的全基因组序列文件(.fasta
下载小鼠的CDS序列文件(可以在gencode下载)
构建小鼠的repeat library
对小鼠全基因组序列进行重复序列注释(用到了RepeatMasker

统计注释结果


小果下期分析详细的注释教程哦!不要错过~

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