featureCounts是一种常用的基因计数工具，用于从高通量测序数据中获得基因或转录本的计数信息。它可以处理RNA-seq或ChIP-seq等测序数据，并将reads根据其在基因或转录本上的映射位置进行计数。该软件的主要功能是将每个基因或转录本与reads关联，并生成计数矩阵，其中每行表示一个基因或转录本，每列表示一个样本，单元格中的值表示该基因或转录本在相应样本中的reads数。

featuresCounts通常与测序数据比对软件（例如STAR、HISAT2等）结合使用，这些软件用于将reads映射到基因组或转录组上。一旦reads被比对上，featuresCounts会根据比对结果进行计数，从而得到每个基因或转录本的reads数。

接下来就跟着小师妹一起实践起来吧！

软件官网：The Subread package (sourceforge.net)

可以直接使用以下命令进行下载

a：读段映射文件（Alignment file）：这是由测序数据比对软件生成的文件，通常是BAM格式或SAM格式的文件。该文件包含了测序数据中每个read的映射位置信息。

b：注释文件（Annotation file）：这是一个描述基因或转录本位置和特征的文件，通常是GTF（基因组注释文件）或SAF（简化注释格式）格式的文件。注释文件包含了基因或转录本的坐标信息，用于将读取与相应的基因或转录本关联起来。

图1 SAF文件格式（列以制表符分隔）

featureCounts软件提供了多个参数，用于控制计数过程和定量分析的各个方面。以下是featureCounts的一些常用参数的简要介绍：

-a：指定注释文件的路径和名称，该文件描述了基因或转录本的位置和特征。

-o：指定输出文件的路径和名称，用于保存计数结果。

-t：指定要计数的特征类型，例如基因（gene）或转录本（transcript）。

-g：指定要使用的特征属性类型，用于将读段与注释文件中的特征关联起来。常见的属性类型包括基因ID（gene_id）或转录本ID（transcript_id）。

-s：指定reads比对的链特异性。可以选择的选项包括0（无特异性）、1（正链特异性）或2（负链特异性）。

-p：用于开启多线程处理，加快计数的速度。您可以指定使用的线程数。

-M：用于考虑多个映射位置。默认情况下，featureCounts只计数唯一映射的读取，使用该参数可以启用多个映射位置的计数。

-B：用于计算基于区间的计数。这个参数可以用于处理重叠的注释区域，确保一个读取只被计数一次。