小果的单日小技巧DAY6：如何利用panImmune轻松分析免疫浸润？
生信人R语言学习必备
立刻拥有一个Rstudio账号
开启升级模式吧
（56线程，256G内存，个人存储1T）
-
小果今天介绍的线上小工具是【panImmune_免疫浸润】，本软件利用 USCS 上的 pan-cancer 数据分别通过 EPIC 和 Cibersort 算法，计算某个指定基因在各个肿瘤中分别与免疫细胞的相关性，并分别输出相关性热图。
-
免疫浸润通常是指免疫系统中的各种细胞（如T细胞、B细胞、自然杀伤细胞、巨噬细胞等）进入到肿瘤组织中，对肿瘤进行攻击和清除的过程。
-
EPIC（Estimating the Proportion of Immune and Cancer cells）算法是一种估计免疫和癌细胞比例的算法，它使用基因表达数据，通过支持向量回归（SVR）方法来计算每种细胞类型的比例。
-
Cibersort算法是一种利用线性模型和已知的免疫基因表达谱来估计混合样本中各种免疫细胞的百分比的方法。通过这种方法，可以了解指定基因在不同类型的肿瘤中与免疫细胞的相关性，为深入研究基因在肿瘤免疫治疗中的作用提供参考。
和小果一起看看是如何操作的吧：
1. 对参数进行设置。这里，必须输入 1 个参数。genename 是计算该基因在各个肿瘤中与免疫细胞的相关性。
2. 点击上传数据 输入***文件，输入的文件名必须和示例文件名一致，且都是英文无特殊字符。如果使用自有数据时，需注意文件名和对应的内容要匹配，以及输入数据里的行名列名等等。
3. 如有非文件类参数，点击 输入参数对应的值,默认比如 pvalue值是0.05 gene值是 TP53
小果这里是运行示例数据，要运行自由数据可以参考页面左上角的输入数据模板。
等待弹出的网页运行完成，具体耗时根据程序来定，一般 2-3 分钟内。
让我们打开结果看一看：
纵坐标表示不同类型的肿瘤，横坐标则表示各个免疫细胞，由蓝到红则表示相关性由低到高。
纵坐标表示不同类型的肿瘤，横坐标则表示在使用EPIC算法对肿瘤免疫浸润进行计算时，被认为是某免疫细胞的集合 ，例如，Bcells_EPIC 是指在使用 EPIC 算法对肿瘤免疫浸润进行计算时，被认为是 B 细胞的基因表达集合。由蓝到红表示相关性由低到高。
今天就介绍到这里啦，你学废了吗？
扫码加小果
领取生信大礼包
点击“阅读原文”立刻拥有
↓↓↓