师妹课堂之python简单处理fasta序列
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大家好，本期小师妹将向大家介绍简单使用python处理fasta序列，接下来跟着小师妹一起来学习一下吧！
01
认识fasta序列
Fasta序列包含两行，分别为id和序列，如下图。给了四条fasta序列，小师妹会将这四条数据放在一个名为case格式为.txt的文件中，然后打包给大家练手
02
如何导入数据，并统计序列总数
找到数据存放位置，得到其绝对路径:单击文件右键，点击属性即可得到。比如case在小师妹电脑的绝对路径如下：C:/Users/Admin/Desktop/case.txt
然后使用代码将数据读入，并进行处理：
f=open("C:/Users/Admin/Desktop/case.txt")t=f.readlines()count = 0for line in t: if line.startswith('>'): count+=1f.close()print(count)
该代码可以统计总共有多少条序列。
首先是：f=open("C:/Users/Admin/Desktop/case.txt")打开文件然后是t=f.readlines()将文件case所有内容读入并存放在t中count = 0初始化一个数值为零的变量count用于计数for line in t:if line.startswith('>'):count+=1
For循环的作用是是对存放在文件句柄t的数据进行逐行编列，然后使用if语句判断是否含有“>”大于符号，含有该符号，则count数值加一,遍历完数据后，序列总数将存放在变量count中。接着使用
f.close()关闭文件句柄
最后使用print(count)打印出总共有多少条序列。
03
怎么随机抽出指定数目的fasta序列
这里定义了一个randomselect函数
#!/usr/bin/env python# 这个文件是从大的序列文件中随机选取指定数量的文件例def randomselect(file, newfile):sequences = list(SeqIO.parse(file, "fasta"))# 随机选择2个序列num_sequences = 2 # 你想要随机出来数量random_sequences = random.sample(sequences, num_sequences)print(random_sequences)with open(newfile, "a") as randomseq:for seq in random_sequences:print(seq)randomseq.write(">" + seq.id + " " + seq.description)randomseq.write("n")randomseq.write(str(seq.seq))randomseq.write("n")if __name__ == '__main__':getNumber("case.txt","new.txt")##case.txt为指定文件，new.txt为你需要随机得到序列后的文件。
只需要改变你想要的序列条数，主函数的文件的路径即可实现。
以上就是本期的内容啦，我们下期再见！这里小师妹还想推荐一个小工具：单细胞数据绘制小提琴图（http://www.biocloudservice.co
m/788/788.php），在线运行，可以使用加载的数据来实践哦。
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