超越KEGG，开源免费的信号通路数据库——Reactome
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小图今天给大家推荐一个超好用的通路数据库——Reactome。
做生信怎能少得了通路分析呢？对科研领域来说，通路分析已成为公认的大家绕不开的环节，无论是发文章还是写本子。想必大家也一定听说过KEGG数据库。它声名显赫，是通路分析的武林盟主数据库。其由日本京都大学和东京大学联合开发，可以用来查询代谢途径、酶（或编码酶的基因）、产物等，也可以通过BLAST比对查询未知序列的代谢途径信息。
但是很遗憾武林盟主的服务是收费的，而且通路的图片不够漂亮很模糊。有点吃老本的感觉。这对我们科研人员来说十分不友好。
而Reactome数据库恰恰解决了这一痛点。它的发展速度非常迅猛，越来越多的科研工作者，改用Reactome，可谓是通路分析的令狐冲。
截至到写本文的时间，引用该数据库的信息如下。
背景雄厚，有武林八大门派的支持。
数据库网址
Home – Reactome Pathway Database官网
Home – Reactome Pathway Database (ncpsb.org.cn)亚洲地区访问会更快。
Home-Reactome路径数据库 (joaskin.com)中文版。
ReactomeFIViz – Reactome通路数据库 (joaskin.com)中文的帮助文档。
接下来跟小图去一探究竟吧
数据库首页
页面设计十分简洁，一目了然。中间是搜索框可以查找，反应蛋白质与通路。下方四个图标依次是代谢通路浏览器，分析数据，第三个是查找与癌症和其他类型疾病相关的通路和网络模式的功能，第四个是帮助文档。
搜索功能
小图以葡糖糖为例，试用搜索功能，输入葡萄糖后。
输出有多种类型的结果，Pathway通路，Reaction反应，Regulation调控，Chemical Compound化合物，Interactor，Complex复合物，Set，Protein蛋白质。几乎包括了所有关于葡萄糖的信息。
侧边栏具有物种，类型，胞内，反应类型等筛选方式。更精确的找到你想要的信息。
我们点入葡萄糖代谢进一步查看
代谢ID号码，物种，同义词，参与的反应，通路的描述，还有反应信息
下方还有不同物种的代谢反应。
通路浏览器
我们回到首页用通路浏览器，来查看该通路，打开通路了浏览器需要加载一会。
首先映入眼帘的是各种通路图。我们输入R-HSA-70326，葡萄糖代谢的通路ID。
接着就找到了它所处在的位置，其在碳水化合物的下面。
接着点击右上角相册图标，显示了具体的过程。
下面还有更详细的描述信息，代谢化合物，基因表达图。
还可以下载为各种格式的文件。
分析工具
分析工具可以输入我们的数据进行分析。我们以UniProt accession list为例。
接着选择Human.
就能得到代谢通路信息了。
参考文献
Gillespie, Marc et al. “The reactome pathway knowledgebase 2022.” Nucleic acids research vol.
50,D1(2022):D687-D692. doi:10.1093/nar/gkab1028
好啦小图今天的介绍的就到这里了，我们下次再见ヾ(￣▽￣)Bye~Bye~
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