生物信息学分析新思路

InflammationinPreeclampsia:GeneticBiomarkers,Mechanisms,andTherapeuticStrategies, doi: 10.3389/fimmu.2022.883404

首先,作者分析了子痫前期和非子痫前期组的差异表达基因(DEGs),与提取的炎症反应相关基因相交,获得差异表达的炎症相关基因(DINRGs);

第二,作者进行富集分析并构建PPI网络以了解其功能和富集途径;

第三,使用机器学习模型识别与先兆子痫相关的关键基因,并在训练集中构建列线图,在验证集中进行验证;

第四,利用R包RcisTarget预测转录因子,构建miRNA-mRNA通路以鉴定其分子机制;

第五,作者对获得的关键基因进行了分子对接。最后,作者还探讨了子痫前期和非先兆子痫样本之间免疫细胞浸润的差异。

参考点:

1.文献中从69个DINRGs中选取log|FC|>0.4的5个基因(OPRK1、BTG2、CXCL8、TPBG和INHBA)作为构建RF模型、SVM模型和GLM机器学习模型的关键基因,在方案设计和分析过程中我们也可以借鉴这种筛选方式

2.文献中的创新点还在于将转录组分析和分子对接相结