conda安装stereopy

根据 stereopy 官方文档的安装步骤,可以按照以下步骤来安装 stereopy,确保使用正确的渠道并解决依赖问题。

1. 创建并激活新的 Conda 环境

首先,创建一个新的 Conda 环境并激活:

conda create --name st python=3.8
conda activate st

2. 安装 stereopy 及其依赖

按照官方文档的推荐,使用多个渠道来安装 stereopy。在环境中运行以下安装命令:

mamba install stereopy -c stereopy -c grst -c numba -c conda-forge -c bioconda -c fastai -c defaults

该命令会从多个渠道(stereopy, grst, numba, conda-forge, bioconda, fastai, defaults)安装 stereopy 及其所有依赖包。

stereo 包中的 stereo/plots/vt3d_browser/stereopy_3D_browser.py 试图导入 IPython 模块,但是 IPython 未安装,因此导致了 ModuleNotFoundError 错误。

要解决这个问题,只需安装 IPython 模块。可以通过 condapip 安装:

使用 conda 安装 IPython

mamba install ipython