基于基因差异分析结果绘制其在染色体上的分布(47)

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分类：

描述

由于DNA测序技术的快速发展，越来越多物种的全基因组正以越来越快的速度变得可用。对于全基因组分析，染色体分布图提供了一种非常流行、直观和有效的方法来绘制和可视化全基因组信息，如GC含量、基因和重复密度、DNA甲基化分布、基因组共线性等。然而，大多数可用的软件程序和web服务器仅适用于少数模型物种，如人类、老鼠和苍蝇，或者具有有限的应用场景。随着越来越多的非模式物种在染色体水平组装可用的情况下被测序，需要能够为广泛的物种生成个体特征图并能够可视化更多数据类型的工具来帮助更好地理解基本基因组特征在生物信息学分析当中，因此，这里我们开发出不受物种限制的可视化代码，只需要输入该物种的染色体位置信息，关注的特征基因（比如差异表达的基因）位置信息以及差异倍数，基因的类型（如上调还是下调），该代码就可以将基因在染色体上的位置、其差异表达的程度以及所属的上下调关系绘制到一张图上，从而能够快速建立基因在染色体上的分布模式。
使用方法：

chromosome.R  –chromosome_pos=  –DEGs_LFC=  –gene_type=
参数说明：
USAGE:        chromosome.R –chromosome_pos=–DEGs_LFC=   –gene_type=PARAMETERS:

        –chromosome_pos the chromosome position include Chromosome number、 starting position and ending  position,input csv format with comma–separated.

        –DEGs_LFC        theposition of differentially expressed genes on chromosomes and log2foldchange ,input csv format with comma–separated.

        –gene_type       the position on chromosomes and type of differentially expressed genes , input csv format with comma–separated.

操作步骤：
1、打开命令行界面，输入“Rscript chromosome.R”调阅帮助文档，确定该程序所需的输入文件。2、用户根据帮助文档中的参数说明内容，对参数进行设置。这里，必须输入参数有3个，分别是–chromosome_pos，表示该物种的染色体位置信息，第一列为染色体编号，第二和第三列分别是起始位置和终止位置，第五和第六列为着丝粒的起始和终止位置，如果不知道，这两列可以省去，保存为以逗号分隔的csv文件；–DEGs_LFC表示感兴趣的基因或区域的位置信息以及相应的差异倍数，第一列为染色体编号，第二和第三列分别是起始位置和终止位置，第四列表示差异倍数；–gene_type表示感兴趣的基因或区域的类型以及符号标记，第一列为基因类型，第二列代表形状（只支持三种形状：box正方形、triangle三角形和circle圆。如果需要标记的特征超过3种，就用第六列里的颜色区分，例如红色的三角形，蓝色的三角形等），第三列染色体编号，第四、五列染色体上的位置，第六列颜色。注意：同一type对应的颜色一致。3、完成参数提交后，按下回车键，整个程序即正式开始进入执行。每步执行内容都会给出提示。程序执行完毕后，界面会显示”Program execution is completed“结束语。

流程图：
结果展示：

1.差异基因在染色体上的分布以及差异基因所属上下调关系

图中分布在染色体上每一个小横线表示一个基因，颜色越偏向绿色，表示下调程度越明显，越偏向红色，表示上调程度越明显，染色体右侧用黄色三角形表示了该基因为上调，蓝绿色正方形表示该基因为下调

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