基于差异基因对通路的影响挖掘关键通路(64)

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描述

Signaling pathway impact（SPI）分析本代码考虑到差异基因数目和log–fold change值的同时，也计算了基因对pathway的扰动效应。结合bootstrap方法计算基因对pathway扰动的显著性。其优点是整合了基因对pathway的多种影响因素而计算差异基因对pathway影响的全局显著性。输入的文件为：基因的表达矩阵（预处理后去重的基因表达矩阵文件exprs.txt），样本的分组信息（样本的临床信息p.txt）。输出的文件为volcano.pdf差异基因火山图、SPI_Analysis_KEGG.txt差异基因对pathway扰动结果。
使用方法：Rscript   SPI_Analysis.R   –exp=   ––colselect=  –pdata=  –pvalue=  –logfc=参数说明：USAGE:

–exp=–colselect=–pdata=–pvalue=–logfc=

PARAMETERS:

–exp   the expression profile data ,input txt format

–colselect the Sample grouping column name–pdata   the Sample grouping information data,input txt format–pvalue the Differential expression gene screening threshold with FDR adjusted p–values–logfc the Differential expression gene screening threshold with log fold change

操作步骤：

1、打开命令行界面，输入“Rscript SPI_Analysis.R”调阅帮助文档，确定该程序所需的输入文件。
2、用户根据帮助文档中的参数说明内容，对参数进行设置。这里，必须输入参数有3个，分别是–exp，表示处理好的表达谱数据；–p 表示样本信息文件；– colselect 表示样本分组列名称；可选参数为pvalue，表示差异基因筛选BH校正后p值阈值，默认值为0.05；logfc表示差异基因筛选差异倍增阈值，默认值为1。
3、完成参数提交后，按下回车键，整个程序即正式开始进入执行。每步执行内容都会给出提示。程序执行完毕后，界面会显示“Program execution is completed”结束语。

结果展示：

DEG.csv（差异基因筛选结果）

logFC：log2转换后的差异倍增值；P.Value：t检验后的p值；adj.P.Val：经过校正的p值volcano.pdf（火山图）
蓝色为下调差异基因，红色为上调差异基因SPI_Analysis_KEGG.txt（差异基因对pathway扰动结果）
Name：通路名称；ID：通路id；pSize：该通路基因数目，NDE：该通路差异基因数目；pNDE：通路中随机挑选的差异基因数目；tA：每个通路上所有扰动累积的总和；pPERT：抑制或激活的可能性；pG：在所研究的病症中该通路受到显着影响值；Status：激活还是抑制。

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