基于本地Java版GSEA的输出结果整合多个通路到一张图(4)

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小编最近在阅读一篇文献时,无意发现了这个图片,觉得很是让人眼前一亮,看了一下图例说明,知道了是GSEA分析结果的可视化,

在小编的世界中,GSEA结果只有下边的样子,

是通过本地java版的GSEA软件分析得到的,而且每次用java版的GSEA软件跑完后,光结果文件就一大堆,每次都要吐血整理好半天,更让人恼火的是,这些图片居然是png格式,想要进一步编辑更是痴心妄想了,于是小编通过解析了GSEA官网提供的R代码,大概知道了图片中每一部分需要用到的数据,进而结合R包ggplot2整理了上图的复现代码。这里我模拟的数据并不是以上文献的,而是随机从以往的项目中抽取了5条显著的KEGG pathway进行绘制的,大家在运行时候要根据自己java版的GSEA软件运行结果进行挑选了哟~

附件包括了:(付费领取哦~

示例数据文件夹:里边是本次流程的输入文件

代码测试文件夹:里边是本次分析用到的代码

输出结果文件夹:里边是本次流程生成的示例图片

readme.txt文件 :是对输入文件的说明

 

以下是该流程分析出来的图片: