基于表达信息挖掘与关注基因密切相关的基因(52)

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有了账号和密码后,不会登录服务器的参考链接:http://www.biocloudservice.com/wordpress/?p=292  

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描述

NTOPNp.value
使batchCorrelation.r  Eset=   symbol=   topnumber=   

USAGE:batchCorrelation.r Eset=<Eset> symbol=<symbol> topnumber=<topnumber>PARAMETERS:

Eset   the gene expression matrix ,gene as row,sample as column, input csv format.

symbol  the gene of interested ,input gene symbol format.

topnumber      the number genes of most significantly related to the gene of interested, input integer format.

1Rscript  batchCorrelation.r
23Esetcsvsymbolgene symboltopnumber666
3Program execution is completed

 

1.HDAC1_cor.pdf

 

symbolsymbolPp.valuerpearson

2.HDAC1other_gene_cor.csv

p.valuepearsonp.valuespearmanp.valuesymbol