基于逆累计分布函数识别显著偏差通路(63)

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描述

fisherPpvalueZ

p.value

使Rscript   pathway_score.r  exp=  group=  lfc=  KEGG_pathway=

USAGE:

USAGE:

pathway_score.r exp=group=lfc=KEGG_pathway=

PARAMETERS:

exp    the matrix of gene expression ,input csv format.

group  the group of sampple ,input txt format,group column must exsist.

KEGG_pathway   the KEGG pathway that DEGs were enriched,input txt format.

lfc    the cutoff of logFC.default:1

1Rscript pathway_score.r

23expcsvgrouptxtgroupTumorNormalKEGG_pathwayclusterProfilerp.adjust

1lfclogFC1KEGG_pathway
3Program execution is completed

diff.xls

logFClog2AveExprtlimmatt

p.valuep

adj.P.Val:BHP

B

diff_exp.xls

result.txt

p.valuePCA.pdf(PCA)
pheatmap.pdf
volcano.pdf