基于高通量数据的样本相似性分析(65)

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有了账号和密码后,不会登录服务器的参考链接:http://www.biocloudservice.com/wordpress/?p=292  

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分类:

描述

countvegan3PCANMDS使

使

Rscript anosim_mrpp.r e=  g=  m=  ms=

USAGE:

anosim_mrpp.r e=g=m=ms=

PARAMETERS:

e      exprmatrix input csv format.

g      sample_group file,input txt format.

m     the method of calculating the difference and significance

between groups,optional parameters :anosim,mrpp.

ms  the method of calculating similarity index, optional parameters :manhattan,euclidean, canberra, clark, bray,kulczynski, jaccard, gower, altGower,morisita, horn, mountford, raup,binomial, chao, cao or mahalanobis.

1Rscript anosim_mrpp.r

24eggroupmanosimmrppmseuclidean, bray

3Program execution is completed

*.pdf 
使anosimPCAR>0p.value<0.05
使mrppNMDSA>0p.value<0.05