R可视化：ggstatsplot包—科研界的美图秀秀(2)

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比较几组数据差异的时候，我们可视化的图比较多种多样，比如可以绘制箱线图、散点图或小提琴图等。ggstatsplot包可以将这3种合并在一起进行展示，今天来记录并分享下用ggstatsplot包作图的过程。以下是今天要做的2个图：

（1）差异统计；

（2）相关性散点图分析。

1. 安装R包
安装非常简单，常规安装方法：
方法一：直接install.packages(“ggstatsplot”)方法二：进入CRAN官网下载r包，然后本地安装。安装时需注意一点，R版本必须4.0.0及以上
2. 作图示例1: 箱线图+提琴图+散点图
安装成功后，开始进行分析，用ggbetweenstats函数作图，以下为示例数据和作图代码：
示例数据：
代码：
library(ggstatsplot)## plotrt=read.table(“input.txt”,header=T,check.names=F,row.names=1,sep=”\t”)pdf(“boxplot.pdf”,width = 6,height = 5)ggbetweenstats(data = rt,

x = group,

y = AFP,

title = “AFP expression”,

messages = FALSE

)

dev.off()

结果：
3. 作图示例2: 相关性图
示例数据和上述文件一样，用ggscatterstats函数作图，用于分析2个基因之间的相关性，作图代码如下：
代码：
library(ggstatsplot)pdf(“cor.pdf”,width = 6,height = 5)ggscatterstats(data = rt,x = AFP,y = CD24,

type = “p”,

conf.level = 0.99,

# marginal=F,

messages = TRUE

)

dev.off()

结果：

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